Древнегреческое название моря — Понт Аксинский (греч. «Негостеприимное море»). В «Географии» Страбона (7.3.6) предполагается, что такое название море получило из-за трудностей с навигацией, а также диких враждебных племён, населявщих его берега. Позднее, после удачного освоения берегов греческими колонистами, море стало называться Понтом Эвксинским (греч. , «Гостеприимное море»). Впрочем, у Страбона (1.2.10) есть упоминания о том, что в античности Чёрное море называли и просто «морем» (pontos).

Космический снимок Чёрного моря, созданный NASA MODISВ Древней Руси X—XVI веках в летописях встречалось название «Русское море», в некоторых источниках море носит название «Скифского».

Современное название «Чёрное море» нашло своё соответствующее отображение в большинстве языков: болг. Черно море, рум. Marea Neagra, англ. Black Sea, тур. Karadeniz, укр. Чорне море и др. Самые ранние источники, упоминающие это название, относятся к XIII веку, однако есть определённые признаки того, что оно использовалось и ранее. Существует целый ряд гипотез относительно причин возникновения такого названия:

Турки и другие завоеватели, пытавшиеся покорить население побережья моря, встречали яростный отпор со стороны черкесов, адыгов и других племён, за что и прозвали море Караден-гиз — Чёрным, негостеприимным.

Другой причиной, по мнению ряда исследователей, может быть тот факт, что во время штормов вода в море сильно темнеет. Впрочем, штормы в Чёрном море не слишком часты, а темнеет вода во время бурь во всех морях земли.

Ещё одна гипотеза происхождения названия основывается на том, что металлические предметы (например, якоря), опущенные в воду моря глубже 150 м на длительное время, покрывались налётом чёрного цвета благодаря действию сероводорода.

Другая гипотеза связана с принятым в ряде азиатских стран «цветовым» обозначением сторон света, где «чёрный» обозначал север, соответственно Чёрное море — северное море. Существует турецкая легенда, согласно которой в водах Чёрного моря покоится богатырский меч, который был брошен туда по просьбе умиравшего волшебника Али. Из-за этого море волнуется, пытаясь выплеснуть из своих пучин смертоносное оружие, и окрашивается в чёрный цвет.